扰乱法庭秩序也必然妨害有关国家工作人员如审判人员依法执行公务，但与妨害公务罪有着显著的区别:
1、侵犯的客体不同。扰乱法庭秩序罪的客体仅为法庭秩序，范围比较窄，而妨害公务罪的客体是国家工作人员的公务活动，除包括人民法院审理案件的法庭秩序外，还包括其他国家工作人员的公务活动，客体较为广泛。
2、客观方面不同。扰乱法庭秩序罪的客观方而表现为行为人在法庭审理案件中，实施的哄闹、冲击法庭或殴打司法工作人员，严重扰乱法庭秩序的行为，既包括采用暴力或威胁方式，也包括非暴力的方式，而妨害公务罪的客观方面的表现仅限于以暴力、威胁的方法阻碍国家工作人员依法正在执行职务的行为，显然，在客观方面要比扰乱法庭秩序罪窄得多。
3、犯罪发生的时间、空间不同。扰乱法庭秩序罪是发生在人民法院开庭审理案件过程中，从时间上看，限于人民法庭宣布开庭至宣布闭庭过程中，从空间上看，限于发生在法庭内(广义理解上的法庭)。而妨害公务罪是发生在国家工作人员依法执行职务期间，从时间上看，限于国家工作人员已经着手执行职务，尚未结束之前，从空间上看，限于发生在执行职务的场所，既包括在国家机关内，也包括特定的其他场所。很明显，妨害公务罪的发生的空范围比扰乱法庭秩序罪的要大得多。