司法审计程序是指司法会计人受理委托司法审计后，按规定应当遵守的既定过司法审计既然是诉讼活动的一个组成部分，那么司法审计程序是否合法，将直接影响到司法审计意见的证明效力。参照司法会计鉴定程序，司法审计一般要经过司法审计的指定，进行司法审计和作出司法审计意见三个必要的程序。司法审计的指定包括司法审计的提出、受理司法审计、选用司法会计人员和送交司法审计材料等内容。司法审计的目的是申请执行人可以申请对被执行人进行审计。审计目的是查明被执行人是否转移财产逃避债务并确认是否能够清偿债务，而不是查明其财产现状。司法审计的作用有限，一般也不能就以审计报告认定被执行人有转移财产的行为。
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资料缺失是否影响审计的进行？
法妞问答律师解答：
严格来说，资料缺失会对审计造成影响，无法真实反映被执行人的资产和债权债务情况。但是，通过相关账册和报表，能够得出总体结论的，不影响审计结果的真实性，申请执行人可以针对资料缺失的问题另行主张被执行人的其他法律责任。
l、司法审计的提出
以下几种情况应当提起：(1)对于报案、控告、举报和自首的材料，因涉及财务事实，需要对其全部或部分事实进行核实的；(2)立案时，侦查机关需要先对被举报人的作弊事实和财产数量、金额进行确认的；(3)在侦查过程中，发现新的作弊事实，由于受专业知识的局限，难以确认的；(4)民事、行政案件中涉及审查会计资料时，双方存在分歧，需要确认的；(5)纪检、监察或单位部门在办理违法违纪案件中，需核查其中会计资料的真伪的。
2、受理司法审计
司法审计的受理同司法会计鉴定的受理一样，必须严格按照法律规定进行，任何人不得违反。(1)受理委托前，应了解案情和核查的内容要求，核对检材的名称、数量、确定这些检材能否保证司法审计工作的完成。(2)受理委托后，司法鉴定部门负责人指派具有办理此案能力的具有司法会计鉴定资格的人员进行鉴定。(3)具备司法审计条件的案件，受理时应当经领导审批，审批权限、公检法、纪检、监察都有具体的规定，应严格执行。决定不予受理的案件，应根据实际情况向送检人说明理由。
3、进行司法审计
司法审计经法律程序提起，确定司法审计内容和要求后，进行司法审计是进入司法会计工作的实际步骤。一般情况下可以归纳为以下几点：
（1）受理委托司法审计后，司法会计应根据案件的具体情况拟定方案，确定不同的检验方法、步骤和重点。
（2）司法会计对提供的各种证据材料进行分别检验、比较检验，客观地作出司法审计意见。
4、制作司法审计报告书，提出司法审计意见
司法审计报告书是司法会计人员运用司法会计技术方法，对提供的会计资料加以检验、分析、判断、提出司法审计意见的法律文书。司法审计应建立复核制度，以确保检案质量。
法妞结语：司法审计是具有一定的专业性的，作为中介机构，没有相关资料无法开展审计工作。作为法院，被执行人不提交有关账册、资料的，应认定其妨害执行，并依法对其采取相应强制措施。司法审计对阐明事实真相是有一定的帮助的，对于企业还是个人的各项数据的透明度都有利。