根据《税收征收管理法》第88条第1款规定：“纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。”
A企业成立一年后，所属区国税局对该企业的账务进行常规审计稽查时，发现A企业存在税务违法行为，遂对该企业的涉税问题作出处理，责令该企业补缴税款合计36万元。该企业认为国税局认定的税务违法事实错误、证据不足，因此不服税务机关处理，拒不补缴税款。同时A企业召开董事会，决定向上一级税务机关申请行政复议，但考虑其是上下级关系，怕处理不公，由此就该问题咨询了税务律师。
北京群益律师事务所律师解析
在这里，企业必须分清税务机关的处罚是什么方面的处罚，如果涉及与税款有关系的项目，必须先申请行政复议，对行政复议不服的，才可以向人民法院提起行政诉讼。除此以外的行为，企业可以选择行政复议或者是直接提起行政诉讼。
本案中，该企业涉及的税务处罚事项是需要补缴税款，所以应该按照“先缴税—申请行政复议—不满意复议结果—行政诉讼”的法定流程进行解决。首先A企业应该按照税务机关下发的补缴税通知书上核定的金额36万元进行纳税申报。全部税款补缴完毕后，A企业可以向其所属区国税局的上一级税务机关市国税局提起行政复议。当然如果A企业对于行政复议的结果有异议，就可以向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。
北京群益律师事务所，拥有一支具有坚实业务功底和丰富实践的律师团队。律所奉行诚实信用、优质实效、客户至上的工作原则为每一位客户高效法律服务。
北京群益律师事务所律师支招
诚信经营、依法纳税是每一家企业应尽的法定义务。国家税收取之于民、用之于民。因此任何类型的企业，在合法成立开展经营业务后，都要按照《会计法》和《税收征收管理法》进行有效的账务处理和税收缴纳工作，保证税款及时、足额缴纳，否则企业就要为其偷漏税行为承担相应的法律责任。为了避免私营企业在面对税务机关的处罚时，无法正确维权，公司的财务负责人和财务会计必须事前就要进行严格的风险防范和账务审核，杜绝偷逃税的行为发生，只有这样才能保证企业正常运行。企业风险的防范绝不单单是事后的维权，更重要的是事前的防范和事中的监督，否则只能是捡了芝麻丢了西瓜。一旦出现税务机关处罚的情况时，应该积极寻求合法的途径进行救济。
北京群益律师事务所补充
1.
企业作为纳税人，同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保。这一步是必须的也是首要的一步，否则当补缴税款的时间过了税务处罚通知单上的日期后，纳税人还要承担相应超期的滞纳金。所以企业无论是否认可税务机关的处罚决定，首先必须按照《税收征收管理法》的规定，进行税款的补缴。
2. 补缴完税款后，可以向上一级税务机关就处罚事宜申请行政复议。