就刑事追诉而言，在检方能证明生产、销售不合格疫苗是出于主要负责人“故意”的前提下，此处以其他方法危害公共安全还与“生产、销售劣药罪”产生法条竞合。之所以强调“故意”是因为这是这两个罪名成立的主观要件。
危害公共安全罪不是一个具体罪名，是刑法第二章罪名的概括称谓。在第二章里没有出现与生产药品有关行为，有一个兜底性的条文就是第一百一十四、一百一十五条中规定的“以其他危险方法危害公共安全”（危险犯），当年对三鹿的刑事追诉就是这个罪名。
网友认为：
针对卫生行政机关的话，若检察机关提起【行政】公益诉讼，要同时满足以下两个条件：1. 行政机关违反法定职权或者不作为，2. 经检察机关检察建议后仍不履行职责。但就本事件而言，行政公益诉讼成本比民事公益诉讼大且不划算，现实理由是：1. 可能得罪体制内同仁，2. 就管辖而言，基层检察院挑省级药监部门的毛病，力量对比也比较悬殊。这两个理由来自兼做实务的诉讼法同仁。
刑事追诉是惩罚，而受害者利益也需要得到弥补和保护。三鹿那时候受害人的赔偿其实并没有走司法程序，而是行业协会筹款并部分委托第三方（中国人寿）。所以在此除了刑事追诉之外，我个人倾向于民事公益诉讼先走。当然诉讼之外，异地政府行政补偿性作为也非常必要，比如安排替代性疫苗方案。