公司章程与《公司法》规定不一致时的法律适用原则应从两个方面认定：一是章程规定未违反公司法强制性规定时应当适用章程规定；二是章程规定与公司法强制性规定发生冲突时，应当适用公司法规定。
广东天穗律师事务所赖永辉律师以案说法：
A公司是经销汽车的4S店，有董某、迟某某两个自然人股东，注册资本1000万元。A公司章程中规定，“董某出资700万元，占股权比例70%，迟某某出资300万元，占股权比例30%；股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经全体股东一致通过”。
赖永辉律师解析
公司章程具有“公司宪法”地位，是股东之间特殊的合同。判断章程条款与公司法规定不一致时是否有效，就涉及不一致的条款是与公司法强制性规定不一致还是与公司法任意性规定不一致的问题。
公司法既是公法，也是私法，既是实体法，也是程序法，既是组织法，也是行为法，同时具有行政法属性。修订后的公司法对强制性规定和任意性规定作出了合理的界定，从而使私法精神、股东意思自治和保护股东权益的措施得到充分体现。
根据《公司法》第43条第2款规定：“股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”这里的“必须”，显然是一种强制性规定。案例中董某和迟某某两名股东在章程中规定“必须经全体股东一致通过”是否违反了公司法的强制性规定？
笔者认为，法院驳回董某的诉讼请求是正确的。《公司法》规定“增加注册资本必须经代表三分之二以上表决权”的股东通过，这里对增加注册资本的强制性规定为“三分之二‘以上’”。在本案中A公司在章程中对增加注册资本规定为必须经全体股东一致通过，而全体股东所代表的股权是100%，这一比例显然是在三分之二以上，因此是符合《公司法》的强制性规定的，所以A公司章程的规定为有效条款。
赖永辉律师支招
公司章程在公司治理和内部事务的规定上应当体现公司自治原则，只要内容无碍于交易安全和社会稳定就应尊重股东的意思表示自治和民事行为自由，从而使章程条款的效力得到认定。
股东在制定章程时如何防止出现与《公司法》规定不一致的情形，应当注意以下几个方面：
1.要特别注意公司法中有关强制性规定的条款
《公司法》共有218条，粗略计算强制性规定大约有130条之多，约占60%，可见公司法的强制性规定比例仍然非常高。识别公司法强制性规定的最简单方法主要看条款中是否有“应当”“必须”“不得”“依法”“须经”等法律概念，含有这些词语的条款通常都是强制性规定。股东在制定章程条款时，对这些条款不得以“意思自治”为由进行改变、变通。
2.充分理解公司法中关于任意性规定的条款
公司法中除去强制性规定和一些说明、释义规定之外，基本上都是任意性规定，识别公司法任意性规定的方法主要看条款中是否有“可以”“以上”“但是”“除外”等法律概念，含有这些词语的通常都是任意性规定。
由于《公司法》具有私法属性，因此修订后的公司法赋予了股东更多意思自治的空间，尤其是“由章程规定”“依照公司章程的规定”“公司章程另有规定的除外”“公司章程规定的其他职权”等表述，充分保护了股东权益并体现了股东自由意志。
赖永辉律师补充：
3.股东要正确认识章程的重要性
股东在公司设立之初，往往只看重公司的人合性与资合性的表面形式，只把利益分配作为重点，从而疏忽了对公司治理的规范和法律风险的防范。股东须知，公司章程是公司制度建设的具体化形式，它规定了公司的性质、宗旨、指导思想、基本任务，明确了公司内部的管理机制、组织结构、权力分配、权益保护等主要内容，因此公司章程被称为公司的“宪法”，其重要作用可见一斑。
公司法有200余条，相关司法解释、行政法规、规范性文件等不计其数，说明公司在经营管理过程中的复杂、疑难特性，如果股东之间只谈经济利益等个别问题，是不能解决公司出现的成百上千的矛盾和纠纷的。