假如新生儿在出生前已经感染乙肝病毒，出生后注射乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗无效；新生儿在出生前未感染乙肝病毒，出生后第一时间接种乙肝疫苗可有效预防。
新生儿感染乙肝病毒主要由母亲传染，而不是由父亲传染。母亲乙肝病毒表面抗原阳性，可通过以下三种途径传播给其后代。
1.子宫内传播。如果母亲因患某种疾病而导致胎盘通透性增加，母亲体内的乙肝病毒可通过胎盘进入胎儿体内，使胎儿感染乙肝病毒。但此种传播途径很少发生。即使胎儿真的是由此种途径感染了乙肝病毒，出生后再接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗也不能阻断其感染。
国内外研究表明，乙肝病毒表面抗原阳性母亲所生的新生儿，如果出生后立即接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗，95%以上的新生儿是可以预防的。这说明绝大多数新生儿不是怀孕早期在子宫内感染的乙肝病毒，而是在分娩过程中或产后传播。
2.分娩过程中传播，也称围生期或围产期传播。 母亲在分娩时，由于子宫强力收缩，胎盘的通透性增加，母亲血循环中的少量血液可能通过胎盘进入胎儿体内。此种传播途径最为常见。由于乙肝病毒是在分娩时才进入新生儿体内，而乙肝病毒感染的潜伏期较长，为45~180天，此时乙肝病毒还来不及在新生儿体内建立感染。因此，如果新生儿于出生后立即注射乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗，属于暴露后预防，即注入的乙肝免疫球蛋白可中和进入新生儿体内尚未建立感染的乙肝病毒，尔后由乙肝疫苗免疫产生的中和抗体将继续预防婴儿免受其感染，从而阻断母婴传播。
3.产后传播。如新生儿在分娩过程中未感染乙肝病毒，在出生后又未接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗者，乙肝病毒表面抗原阳性的母亲在产后护理和喂养婴儿过程中，在不经意间，有可能将其肉眼看不见的微量血液或体液，通过婴儿的破损皮肤或黏膜传播。但此种传播途径也较少见。新生儿产后传播也可通过出生后立即接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗预防。
有人曾报告，从精子细胞中检测到乙肝病毒表面抗原或乙肝病毒核酸，因而认为受精卵细胞可感染乙肝病毒而使胎儿感染。但此种假设缺乏循证医学证据。虽然从精子细胞中检测到乙肝病毒表面抗原或乙肝病毒核酸，但不能完全排除是由精液污染的可能性。至今尚未证实乙肝病毒可在精子或卵子细胞中复制。如果真的像一些人认为的那样，受精卵细胞可感染乙肝病毒，从而使胎儿感染，则新生儿在出生时就早已感染了乙肝病毒，在出生后立即注射乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗也是无效的。
此外，乙肝病毒表面抗原阳性的父亲，不像母亲那样要经过十月怀胎、分娩、产后护理和喂养等。即使一些父亲可能会参与婴儿的产后护理和人工喂养等，也远不如母亲那样密切。因此，由父亲传染给婴儿的机会较少，而且发生在产后而不是在产前，因此可以通过出生后对新生儿立即接种乙肝疫苗来预防。这就是为什么父亲乙肝表面抗原阳性而母亲阴性的新生儿，只需在出生后立即接种乙肝疫苗，而无须注射乙肝免疫球蛋白的原因。