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第1名：云南大学 云南排名全国前100位的高校没有，有3所高校排在第100-200之间。其中云大排全国121位，排云南省第1位。虽然该校的排名较低，但是从下图的校门就能看出，该校是拥有非常厚重的历史的，该校成立于1924年，在国内算是成立较早的高校了。
第2名：昆明医科大学 昆明医大排云南第2，全国第195位，成立于1922年，拥有口腔、药学、法医学3个国家重点学科，另外还有7个省级重点学科。
第2名：云南师范大学 与昆明医大同列第2位的还有云南师范，同样也是排全国195位，成立于1938年，前身是西南联大的师范学院。在教育学、物理学、旅游管理等方面的专业特色较为突出。
第4名：昆明理工大学 昆工全国排258位，前身是1954年成立的昆工院，拥有国家重点学科2个，本科专业109个，国家特色专业7个，省级重点1级学科24个。
第5名：云南财经大学 云财大成立于1951年，在全国排278位，拥有本科专业58个。该拥有物流、会计、市场营销、金融共4个国家特色专业。
第6-13名 排在6-13名的高校共有9所，其中楚雄和玉溪师范同列全国566位，省内第13位，其他高校具体排名如下。