如何验证引物的特异性

作者:滴水穿石 | 创建时间: 2023-05-15
做分子生物学试验,往往是离不开引物设计的,但是当我们用引物设计软件设计出引物的时候,引物的特异性决定了PCR的产物是否有杂带而影响下游试验,在此简要介绍如何使用NCBI里面的primer-BLAST进行引物特异性的验证...
如何验证引物的特异性

操作方法

打开浏览器,输入进入NCBI网站

在此网页下方处找到Primer-BLAST,点击进入

点击进入以下界面,在Primer Parameters里面输入自己已经设计好的引物序列,在此以病毒DNA序列为例子进行阐述,该引物为扩增EB病毒(人类疱疹病毒4型)DNA一段序列的引物。

随后,在Primer Pair Specificity Checking Parameters里面的Databse中选择选项“Genome(chromosomes from all organisms)”,由于举的例子是扩增病毒DNA的引物,用于扩增患者是否携带该病毒,所以要避免该引物扩增出人体DNA中的片段,从而在下面“Organism”里面选择“Homo sapiens”

之后直接点击页眉左下角的“Get Primers”按钮进行引物特异性的验证,点击后的页面如图所示。

大概稍等一会儿,就会得到结果,结果页面如下图。本条引物在扩增时可能会出现两天杂带,但是该段引物序列与人基因组序列还是存在碱基的不一致,所以也可能扩增不出来,另外产物的片段大小与目的片段大小差异较大,故本对引物的特异性很好!

温馨提示

输入自己设计好的引物时,注意引物的顺序是不是5'端至3‘端
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