如何证明父子关系户口不在一起？

1、上老家的村委会、社区或者派出所

2、如果没有出生证明，相关信息不完全，就只有去当地司法鉴定机构作亲子鉴定。

第三步，（程序应该是这样，先到村委会让村委会或社区写个证明，证明你们的父子关系，然后到当地派出所办理），

第四步，如果有出生证明的话，就带着出生证明直接去派出所，因为出生证明上明确写着父母亲和孩子的关系，

第五步，是新生儿日后申报国籍、取得户籍也即“上户口”的最重要的法定医学证明、“有效证件”之一;