方法/步骤1 打开软件
首先得安装软件，安装完成后点击启动图标（桌面无显示图标的可以再开始栏找到相应软件启动）在此以5.5为例
新建一个项目（project）或者打开你已经有的一个项目，在此直接打开一个已有项目。（如果新建，要起好名字，并选择项目的位置。）
选择新建new选项，并在弹出的对话框选择3D Atomistic选项。建立一个新坐标文件。也可以在file菜单下选择new…选项，然后选择3D Atomistic选项
新建坐标文件后弹出新窗口，选择建模画原子按钮Sketch Atom如图中1的画笔（如果没有快速栏按钮请到view/toolbar/……寻找相依选项可以启动），并在窗口中单击后按下Esc 换个空白位置，重复画出原子（默认是碳原子）。如图我画出三个原子
画出原子后右击空白区域，选择原子的球棒显示模型。
方法/步骤2 建模小技巧
选择Measure/Charge选项下的Distance
首先要选择不动的原子，然后再点击要移动的原子，点击完成后MS软件将显示它们的距离，再此以选择三个原子的中间原子不动为例。
在退出测量模式，点击选择模式，在要改变的距离上单击一下。然后在性质显示栏双击距离位置。
在新弹出的窗口中改变距离，再此选为1埃，然后点击ok或者apply（apply后也要点ok）
完成，中间的原子不动，左边的原子向右移动，和中间原子相差1埃。
当然，建模不仅仅只用距离，还要用到角度和二面角。它们跟距离相似