系统功能具有下列主要特征：
整体性。系统内的各要素通过结构组合成一个整体，而反映这个整体的正是它自身的功能表现。例如，企业管理系统是由计划、组织、领导、控制等主要结构而成，其个每个结构都有其自身的功能，当这些功能在一定资源约束条件下优化集合，就能取得理想的管理效益；反之，其中任何一个结构出现问题，系统整体功能都会衰减。
可变性。相对于系统结构稳定性特征而言，系统功能因受外部环境的影响，相对比较活跃．可变性强。例如，在世界经济一体化、竞争全球化、企业科学管埋同质化趋势的影响下，重视生产现场的精细化管理，拼基础管理、拼细节管理，打造品牌化的管理利器，中国石化从战略管理的高度确立3B管理标准，管理重心下移，就是管埋功能优化。所以系统功能可变性特征表明，在发挥系统功能的过程中，，要重视外部环境变化对系统功能的流程、内容和方式的影响，及时调整系统结构，与时俱进，使系统不断获得新的功能。
可控性。可控性是系统功能最显著的特征。如前所述，系统结构决定系统功能，系统功能反映系统结构，并对系统结构有反作用。尤其是在人工系统中，这种“反作用”是通过系统的控制结构能动地表现出来的。