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云南穆斯林先民先后分几个历史时期自中亚、西亚和我国的西北、中原，江南等地迁来。，回族先民入云南最早始于唐代。如云南至今流传着“三千换八百”的传说。滇西一带传说，唐代为征服南诏向回族借兵3000随李宓征南诏，失败后被遣散与当地800妇女婚配，成为回族先民中的一部分。
“文革”中被毁坏的一块阿拉伯文寺碑，曾记载着唐时有40位阿拉伯长老途经昆明到长安，其中一位名叫满苏拉，病故于昆，葬于南城寺后。又据《新唐书》记载和夏光南先生的《元代云南史地丛考》论证，唐贞元十七年(公元801年)，唐和南诏联军与吐蕃、大食兵大战后，曾将失败的黑衣大食兵掠来居于滇，他们也成为云南回族先民中的一支。
公元1253年，元世祖忽必烈率蒙古军、西城回回军10万人攻占大理，大批回回人开始入滇。此后百余年间，不少中亚，西亚的“回回”和新疆的“畏兀儿”作为官吏，将领、士兵，军匠，被派驻云南达10多次，每次多以万计，少则数千，在赛典赤·瞻思丁及其子纳速拉丁等回回官吏、将领的统帅下，分散在云南各地进行屯戌。
跋涉迁徙云南的“西域回回”在落籍云南的过程中，与云南其他兄弟民族共同居住，友好交往，在保持自己的伊斯兰教信仰和风俗习惯情况下，与汉、蒙古、百、彝等民族相互通婚、融合逐步形成了回族。
明洪武十四年(公元1381年)，朱元璋任命傅支德为征南将军，回回人蓝玉、沐英为副将军，率30大军征讨尚处于元朝梁王统治下的云南。平定云南后，沭英被委派治理云南，随其入滇的大批江南回族定居云南，使云南回族人口迅速地增加，回族分布的地域更趋广大。
唐宋时进入云南的一些阿拉伯和波斯人（士兵、商人）；元时随蒙古军征战入滇的中亚回回人及阿拉伯人、波斯人、维吾尔人；明清两代随军从我国江南、西北、华北、四川等地进入云南的回族是云南回族的主要来源。在清代前，云南已成为仅次于西北的第二个回民大聚居区，人口达到了80多万这一历史最高数。
在宗教事务活动方面也很有特点，表现为极少数家庭宗教观念较为淡薄，往往一家非一种信仰，故其宗教生活兼有伊斯兰教、佛教和喇嘛教等不同色彩和内容。