从机构隶属上看，市委农村委员会属于党的工作部门；农业局属于政府的组成部门。市委农村委员会的一把手由党委任命，农业局局长由党委确定人选，经人大及其常委会表决任命，对人大负责受人大监督。
网友认为：
从职能上看，市委农村委员会负责传达贯彻党中央的涉农精神，负责统筹政府农业局、林业局、水利局等农业系统的党建和业务工作，对几家农业领域的政府单位干部任免提出意见。而农业局主要负责农业领域的具体行政管理工作，比如行政审批、行政执法。综合来看，市委农村委员会与农业局的关系，如同市委政法委与公安局、市委宣传部与文化局、市委组织部与市人社局的关系。一个负责在政治上和组织上的领导和协调关系，另一个则是政府的社会管理部门。
我个人认为机构改革后并入人大下设十个委员会更合理。人大是工作调研、草拟法律法规、监督政府执行、考核考评各部门工作实绩、人事选举权和罢免权。党办直属机构农村工作委员会的工作职责就是人大常务委员会下设工作机构职责。监督权考评权人大常务委员会承担更合理，各部门年终人大述职充分发挥人大外部监督职能。