病因
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。而卵巢巧克力囊肿有双侧和单侧之分，左侧卵巢巧克力囊肿属于单侧卵巢巧克力囊肿，情况没有双侧卵巢巧克力囊肿严重。
正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。虽然不会恶变，但是还是会对女性造成很严重的危害和影响的。
症状
不孕 患有巧克力囊肿的女性患者会卵巢排卵功能下降，子宫腔内无法提供正常健康的生殖环境从而导致女性不孕。
月经不调 因患有巧克力囊肿的女性患者卵巢排卵功能下降，子宫内膜也受到性激素的影响，所以患者往往表现经血量多，月经不规律等。
腹部疼痛 患有巧克力囊肿的女性患者大部分都会腹部疼痛，这种情况很常见，因为异位的子宫内膜剥离而导致的卵巢局部损伤，所以造成腹部疼痛。
内膜囊肿 患有巧克力囊肿的女性患者因月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿。
检查诊断
最终诊断仍需手术探查。
妇科检查 除双合诊外，应特别强调必须进行三合诊检查。卵巢子宫内膜异位症者，在附件区可触及与子宫或阔韧带、盆壁相粘连的囊性肿块，活动度差，往往有轻度触痛，囊肿直径一般小于10cm。
腹腔镜检查 腹腔镜检查是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果最好的方法，主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。