幼苗期修剪
未结果的幼树枝条长得多和快，并在多处长出来，需要进行修剪。在树苗长至50-60厘米时可以开始剪枝。原则是：适当保留副主枝数量，并有一定的距离，使得整个树冠成圆球形，树枝分布均匀，必要时可以用支架支撑柠檬树枝。
用同样的原则处理芽芯，将多余的芽芯摘除。
及时除掉病枝，弱枝，枯枝。
刚挂果时的修剪
控制枝叶的疏密程度。继续控制副主枝的数量，要多但不互相干扰。可以采用支撑或吊挂等方式控制枝条的生长方向。
修剪过长的枝条，保持树冠成圆球形。
盛产期果树的修剪
尽量保持树枝和果的生长平均。轮流修剪可以长果的枝条，这样避免大小年情况。
根据挂果的数量和位置，摘掉多余的嫩枝。
可以在一些部位修剪出“窗口”，让果树内部不太封闭。
修剪交叉过多过密的部位。
衰退期果树的修剪
柠檬树在产量衰退期前几年，合理的修剪可以获得一定的产量。
剪掉特别弱的枝条，对还有挂果能力的枝条剪除顶端除主枝之外的一部分侧枝，同时促进新枝条的发展，结合施肥、除根等手段。可以促进产量。
盆栽柠檬树的修剪
盆栽的柠檬树，由于土壤少，同时需要控制空间，其修剪方式有所不同。
只保留合理数量的枝条，其余得全部剪掉。 根据需要调整其生长的空间和结果数量。 其他修剪方法参考果园种植的修剪。