操作方法
培养目标不同 专业硕士与学术硕士处于同一层次，培养规格各有侧重，在培养目标上有明显差异。专业硕士教育的突出特点是学术性与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，如工程师、医师、教师等等。学术硕士按学科设立，其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员。
培养方式不同 专业硕士课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，以综合素质和应用知识与能力的提高为核心。教学内容强调理论性与应用性课程的有机结合，注重培养学生研究实践问题的意识和能力。在具体的学习过程中，要求有为期至少半年的实践环节，实践学分比重较学术学位更大。学术硕士的课程设置侧重于加强基础的理论学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
报考条件不同 专硕的大部分专业报考要求和学硕是相同的。但专硕中的工商管理、公共管理、工程管理、旅游管理工硕中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织专业报考条件为：（1）大学本科毕业后3年以上工作经验的人员；（2）获得国家承认的高职高专毕业学历后有五年工作经验；（3）已获得硕士学位或博士学位并有2年以上工作经验的人员。学硕报考条件为：（1）国家承认学历的应届本科毕业生及自学考试和网络教育届时可毕业的本科生，录取当年9月1日前须取得国家承认的本科毕业证书；（2）具有国家承认的大学本科毕业学历的人员；（3）已获硕士、博士学位的人员。
招生专业不同 专硕招生专业比价有针对性，仅包括金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、警务、药学等等40多个专业。学硕招生包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学13大学科。
入学难度不同 对于大部分专业来说，专硕比学硕入学难度要低。专硕的英语大部分都是考英语二，学硕大部分都是考英语一；专硕多数不考数学或考数三、经济类联考综合能力；学硕考数一、数二、数三。
导师制度不同 专业硕士，实行双导师制，以校内导师指导为主，校外导师参与实践过程、项目研究、课程与论文等多个环节的指导工作。学硕实行单导师制，在基本只能方面，研究生导师对学生进行课程教学、课题研究指导与学位论文指导。