荧光观察 - 操作步骤
1.开启左方荧光灯源控制器（荧光灯源关闭后需等15-20分钟才能再开启）。 2.待荧光灯泡完全激发后，转动荧光滤片转盘至所需的滤片组。 3.荧光（RL）及穿透光（TL）可藉由右侧切换钮控制开/关。 4.如需拍照则转动左侧分光盘，将分光转至左侧的CCD，再开启电脑使用Axio的视觉软件拍摄。
透射光观察 - 操作步骤
1.开启显微镜左下方电源。 2.将样本放置载物台上。 3.使用载物台调整杆将样本移至光源中心 20X及40X物镜则转盘转至PH2）。 5.确认荧光转盘位于无荧光滤片组之空位。 6.于目镜观察下藉由粗细调节轮调整焦距。 7.由下方电压调整盘调整穿透光亮度。 8.如需拍照则转动左侧分光盘，将分光转至左侧的CCD，再开启电脑使用Axio的视觉软件拍摄。
蔡司倒置荧光显微镜操作注意事项：
1.显微镜放置处最好备有除湿机降低湿度，防止镜片受潮发霉。 2.如培养液不慎滴落于物镜上，须尽快以拭镜纸沾纯酒精轻轻擦拭干净。 3.正确记录荧光灯泡开启/关闭时间，荧光灯源开关后需等15-20分钟才能再开启。 4.荧光灯泡最好于使用200-250小时内更换。