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1.开凿年代之谜 龙游有文字记载的历史长达2500余年，但石窟的凿就年代却既未见诸史书，又难觅于地方志，边相关的传说也无蛛丝马迹。难道是战争、瘟疫或者自然灾害倾刻间毁灭了此地先民？2.开凿目的之谜 自龙游石窟显露真容后，对凿掘目的之争论一直是个热点，至今主要有九种猜想。虽然都有一定的道理，但又各有欠缺没有一种被公认。3.组织者之谜 如此浩大的工程，按常规必须有成千上万人投入，必须有个组织者统一指挥协调。工具维修、生活供给、通讯联络等等都能必不可少。在远古时期，是如何实现组织协调的呢？种种迹象表明，这些石窟系同时开凿又同时未完工不停止了。按常规，应一个一个地开凿，这样既能集中人力物力，又能不断地得出经验，减少不必要的损失。工程指挥者如何要同时开工呢？难道有一个强大的专业掘凿地穴的工程兵团？4北纬30度之谜 所有被抽干水的石窟均呈倒斗形－－四分之一金字塔形(见右图)。它们的建筑与埃及金字塔是否有联系？龙游石窟群位于北纬28.5度左右，与埃及金字塔在同一纬度线上，还有大西洋百慕大海底金字塔同样在北纬30度附近。 难道北纬30度是金字塔带？ 金字塔为什么要与北纬30度结缘？ 5.布局之谜 已被开发的七个洞窟（6号、7号窟已作回灌保护）呈北半七星分布，其他洞窟布局尚在研究中，是否完全按照星座布局尚不得而知。6.设计之谜 石窟的设计呈分区密集型，有如现代化住宅群。每区由若干幢组成。窟与窟之间互不相通（目前供参观的一、二、三、号与四、五号窟之间通道是二十世纪九十年代末为便于游人参观而打通的），壁厚非常均匀，其精确度就是用现代化设备施工、雷达测控也难以做到。7.工程浩大之谜 已露出真容的七个洞窟平均面积约为1000平方米，高度20米，一个洞就要排出土方20000立方米，以50个洞计则共排土方100万立方米，筑成一米高一米宽的围墙竞达1000公里，以龙游一地之力完成如此工程，难以令人置信。8.采光之谜 在烈日当空的中午，四号窟切断电源后，洞内顿时一片漆黑，伸手不见五指。洞中是如此的黑暗，而工程质量的要求是如此的高，那么工作的照明问题是怎么解决的呢？若用明火照明，窟顶窟壁必然要留下火烧的痕迹，窟中也应留下灰烬的痕迹，但现在却是一概不见。9通风之谜 石窟为封闭型地穴，洞与洞又互不相通，空气对流困难，基本处于静止状态，而洞中容纳大量劳动力，劳动者呼出的二氧化碳以及明火燃烧产生的二氧化碳将在洞底沉积，劳动者将因缺氧而丧失劳动能力，如何维持氧的供给？在没有排风扇或鼓风机的古代，这又是一个不解之谜。