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第1名：新疆医科大学 该校成立于1956年，虽在新疆排名第1，但是在全国的排名并不是特别高，排在258位，全国内比较算是中上游水平吧。该校的预防、中医、维医等6个专业属于国家特色专业。
第2名：新疆大学 新大省内排第2，全国排308位。该校的办学历史比较悠久了，成立于1924年，拥有47个博士点，154个硕士点。
第3名：石河子大学 石大成立于1949年，全国排在386位。该校的校址并不在乌鲁木齐而是在石河子市，其农学、农机、临床、动物医学等专业比较好，均是国家特色专业。
第4名：新疆师范大学 该校成立于1978年，全国排493位。该校的维吾尔语、美术、音乐、体育属于国家特色专业。
第5名：新疆农业大学 农大成立于1952年，全国排562位，其园艺、水利、农业、种子、草业等共7个专业是国家特色专业，另外还拥有2个教育部优势学科。
第6名：伊犁师范学院 伊利师范办学历史可以追溯到1948年，相对来说已经比较悠久了，18年该校在全国排588位，该校的哈萨克语比较有特色，也是该校的王牌专业。
第7名：塔里木大学 该校成立于1958年，全国排在596位，处于中下游水平。该校的园艺、农学、生物、农业水利属于国家特色专业。